Sur une île au large des côtes d'Unys, un véritable paradis tropical à la biodiversité inégalée, se déroulent nos histoires, aussi diverses qu'intriguantes, toutes entremêlées par des histoires de conflits, et de conspirations. Car la belle Maïlys n'a d'un paradis que son apparence, et elle a connu de nombreuses tragédies. Ses richesses et mystères attirent les convoitises de nombreuses âmes mal intentionnées, et sa Ligue, encore jeune et instable, semble toujours peiner à repousser des ennemis qui refont sans cesse surface.
C'est dans ce contexte difficile qu'est né un nouveau conflit. D'un côté, l'organisation Abyss, un groupuscule encore mystérieux prônant la protection du peuple, mais semblant cacher de plus terribles desseins. De l'autre, le STERN, une milice formée pour assister la Ligue Pokémon dans l'élimination des menaces, mais qui semble parfois échapper à sa surveillance.
Que vous choisissiez d'incarner un être humain, ou un Pokémon, tracez votre propre histoire dans cette île au passé houleux, mais qui réserve encore de nombreuses surprises.